Haruka dan Sora Kasugano akan pulang, ke tempat yang penuh dengan kenangan.
Setelah kehilangan orang tua mereka dalam kecelakaan mobil yang tragis, si kembar memutuskan untuk kembali ke pedesaan dan memulai hidup baru di rumah kakek mereka, yang selalu menjadi pengingat akan saat-saat dari masa lalu mereka. Menyambut mereka adalah teman masa kecil Nao Yorihime dan Akira Amatsume, dan pendatang baru Kazuha Migiwa. Ini adalah sambutan yang hangat, simbol dari hari-hari yang akan datang.
Kedamaian mereka hanyalah sementara, karena emosi yang ditekan, lahir dari sumpah yang baru ditemukan dan dilupakan, mulai mengerahkan pengaruh mereka pada kehidupan baru si kembar. Dan jauh di lubuk hati, sebuah rahasia gelap, yang hanya diketahui oleh mereka, mulai terbongkar.
Berdasarkan novel visual karya Sphere, Yosuga no Sora tidak hanya mengeksplorasi kekuatan ingatan yang hilang dan cinta sejati ketika ikatan banyak orang menjadi terjalin, tetapi juga menimbulkan pertanyaan tentang moralitas dan penerimaan sosial.
