Orang tua Inaba Yuushi meninggal di tahun pertama sekolah menengahnya, dan dia pindah bersama kerabatnya. Meskipun mereka merawatnya, dia tahu bahwa dia adalah beban. Setelah lulus, ia dengan senang hati bersiap untuk pindah ke sekolah menengah dengan asrama. Sayangnya, asrama terbakar ke tanah sebelum dia bisa masuk! Yuushi tidak ingin tinggal bersama kerabatnya yang berdendam, tetapi sulit menemukan penginapan sebagai siswa yatim dengan sedikit uang. Dia akhirnya menemukan sebuah kamar di sebuah bangunan tua yang bagus yang tampaknya terlalu bagus untuk menjadi kenyataan.
Tangkapannya adalah bahwa itu adalah Monster House, tempat manusia dan makhluk gaib – hantu, mononoke, dll. – hidup bersama. Seorang siswa sekolah menengah lain tinggal di sana, seorang gadis cantik bernama Akine, dan dia benar-benar tidak terpengaruh oleh monster. Bahkan, dia bahkan bisa mengusir roh jahat! Kehidupan sekolah menengah Yuushi baru saja menjadi jauh lebih aneh daripada yang pernah ditawarnya!
