Pada 1960-an, seorang mahasiswa kedokteran muda yang berbakat mencoba membuat nama untuk dirinya sendiri. Kuroo Hazama adalah seorang pemuda yang pendiam dengan rambut hitam-putih yang tidak biasa, tubuh yang dipenuhi bekas luka, dan masa lalu yang gelap. Meskipun hanya seorang mahasiswa kedokteran, kecemerlangan bedahnya mulai menarik perhatian setelah ia menyelesaikan operasi yang tampaknya mustahil. Bersama magang yang bersemangat dan jujur, Maiko Okamoto dan Yabu, seorang teman dekat dengan kehidupan yang bermasalah, Hazama mengabdikan dirinya pada dunia kedokteran.
Namun, jalannya untuk menjadi ahli bedah yang terhormat adalah sulit karena kerusuhan mahasiswa, perang, dan korupsi memakan Jepang. Hazama dengan cepat menemukan dirinya terperangkap dalam serangkaian keadaan jahat yang menantang integritasnya sebagai pribadi dan jalan menuju menjadi seorang ahli bedah. Young Black Jack menceritakan kisah tentang seorang lelaki yang mampu melakukan tugas-tugas kedokteran yang tak terpikirkan, dan perjalanan yang membawanya menjadi legenda yang dikenal sebagai Black Jack.
